Στην ΕΕ1 θα υλοποιηθεί:
- Συλλογή 100-200 δειγμάτων ιστού/είδος από πληθυσμούς γεννητόρων της χώρας.
- Γονοτύπηση με την μικροσυστοιχία Med_FISH array
- Εκτίμηση της γενετικής ποικιλότητας και υπολογισμός της γενετικής διαφοροποίησης μεταξύ των stock γεννητόρων
- Επιλογή αντιπροσωπευτικού δείγματος για επιλογή μονονουκελοτιδικών δεικτών
Παραδοτέα
Εκτίμηση πληθυσμιακών γενετικών παραμέτρων στους ελληνικούς καλλιεργούμενους πληθυσμούς τσιπούρας και λαβρακιού
- Εκτίμηση γενετικής ποικιλότητας και υπολογισμός γενετικής διαφοροποίησης μεταξύ των stock
- γεννητόρων για επιλογή δειγμάτων από κάθε πληθυσμό και είδος για την επιλογή δεικτών SNP
Στην ΕΕ2θα από τα υπάρχοντα δεδομένα whole genome re-sequencing που έχουν δημιουργηθεί για την ανάπτυξη τηςμικροσυστοιχίας Med_FISH array, και είναι διαθέσιμα στον υπεύθυνο φορέα της ΕΕ2, θα ανιχνευθούν εκατοντάδες χιλιάδες πολυμορφικοί SNP τόποι κατά μήκος του γονιδιώματος. Δυο αναλύσεις Βιοπληροφορικής και φιλτράρισμα των SNP για την δημιουργία α) μιας in silico μικροσυστοιχίας SNP. β) για την ανάπτυξη της χαμηλού κόστους μικροσυστοιχίας (π.χ. 3.000-8.000 SNP για κάθε είδος) με φιλτράρισμα των SNP αλλά και επιλογή τους με βάση τα αποτελέσματα της ΕΕ3 και της ΕΕ 4.
Παραδοτέα
- Ταυτοποίηση εκατοντάδων χιλιάδων SNP στην τσιπούρα και το λαβράκι και αξιολόγηση τους για τη συμμετοχή τους σε μια in silico μικροσυστοιχία SNP (Μ18)
- Επιλογή των δεικτών SNP για τη χρήση τους, μέσω των νέων αποτελεσμάτων της ΕΕ1, EE3 και ΕΕ4, σε μια μικρότερη χαμηλού κόστους μικροσυστοιχία SNP (SNP-chip) λειτουργική σε ελληνικά stock γεννητόρων
και Ανάλυση Ολικής Γενωμικής Συσχέτισης (GWAS)
Στην ΕΕ3 θα γίνει επιλεκτική γονοτύπηση με το SNPchip Med_FISH array (για μείωση κόστους, καλύτερη εκμετάλλευση της ανισορροπίας σύνδεσης και καλύτερη στατιστική ισχύ), 600- 1000 απογόνων μαζί με τους γεννήτορές τους από κάθε είδος. Πειραματισμοί: α) Ανθεκτικότητα σε Vibrio anquillarum (challenge test) και ανάλυσης βιωσιμότητας (survival analysis) (λαβράκι) και β) βάρος σε 4 αναπτυξιακά στάδια, και λιποπεριεκτικότητα (τσιπούρα). Ανάλυση GWAS με γονοτυπικά και φαινοτυπικά δεδομένα.
Παραδοτέα
- Έκθεση προόδου για τους συλλεχθέντες φαινοτύπους και για ανιχνευθέντα QTL και στα δυο είδη ψαριών
και ανίχνευση αποτυπωμάτων επιλογής (identification of selection signatures)
Στην ΕΕ4 θα υλοποιηθεί:
- Εφαρμογή τεχνικών Phasing and Imputation για βελτίωση της χρηστικότητας χαμηλής πυκνότητας SNP (π.χ. 3.000-8.000 SNP για κάθε είδος).
- Σύγκριση της ακρίβειας του imputation.
- Ανίχνευση απλοτύπων από την GWAS ανάλυση (ΕΕ3), σε δείγματα των προγραμμάτων γενετικής βελτίωσης (ΠΓΒ) των εταιρειών από διαφορετικές γενεές (identif. of selection sign.)
- Εκτίμηση Γενωμικών Κληροδοτικών Τιμών (GEBV) με 5 διαφορετικούς συνδυασμούς SNP γονοτύπων (πλήρης-επιλεγμένους).
- Σύγκριση GEBV με απλές EBV από τα ΠΓΒ για ακρίβεια και ιεράρχηση (ranking correlation).
Παραδοτέα
Εκτίμηση πληθυσμιακών γενετικών παραμέτρων στους ελληνικούς καλλιεργούμενους πληθυσμούς τσιπούρας και λαβρακιού
- Phased and imputed γονότυποι SNP (Μ27)
- Απλότυποι υπό επιλεκτική πίεση εντός του κάθε ΠΓΒ για το δυο είδη.
- Εκτιμηθέντες γενωμικές κληροδοτικές τιμές και σύγκρισή τους με απλές κληροδοτικές τιμές.
Στην ΕΕ5 θα υλοποιηθεί:
- Γονοτύπηση υποσυνόλου υποψηφίων γεννητόρων (με EBV από το ΠΓΒ) για επιλεγμένους SNP δείκτες (ΕΕ4).
- Υπολογισμός των GEBV με βάση τους επιλεγμένους SNP δείκτες. Απογονικός έλεγχος των γονοτυπημένων υποψηφίων γεννητόρων και ενός αριθμού μη γονοτυπημένων υποψηφίων γεννητόρων.
- Σύγκριση αποτελεσμάτων απογονικού ελέγχου με βάση τις EBV και τις GEBV.
Παραδοτέα
Έκθεση αποτελεσματικότητας της γενωμικής επιλογής